Pengajian tinggi

Banyak subsidi diberi oleh kerajaan untuk menanggung pendidikan di universiti-universiti awam. Pemohon memerlukan kelayakan STPM atau matrikulasi. Keputusan yang baik dalam peperiksaan tidak menjamin kemasukan universiti awam. Kriteria pemilihan tidak jelas kerana tiada peraturan yang dikuatkuasakan dengan tegas diwujudkan. Pada tahun 2004, kerajaan menubuhkan Kementerian Pengajian Tinggi Malaysia untuk mengawasi pendidikan pengajian tinggi. Kementerian ini dipimpin oleh Mustapa Mohamed.

Walaupun kerajaan mengumumkan pengurangan pergantungan kuota kaum pada tahun 2002 untuk lebih memihak kepada meritokrasi, kadang-kadang terdengar kes pelajar bukan bumiputera yang berkeputusan baik tidak diterima untuk memasuki kursus tertentu. Sebelum tahun 2004, semua pensyarah di universiti umum perlu memiliki ijazah sarjana atau doktor. Pada Oktober 2004, keperluan ini dibatalkan. Kementerian Pengajian Tinggi mengumumkan bahawa pakar industri yang dapat menambah nilai kursus dapat memohon menjadi pensyarah walaupun tidak mempunyai ijazah sarjana atau doktor. Untuk mengelakkan tuduhan perubahan ini disebabkan kekurangan pensyarah, Timbalan Menteri Pengajian Tinggi berkata, "Kita tidak kekurangan pensyarah. Tindakan ini akan menambah nilai kepada kursus dan meningkatkan nama universiti-universiti kita. Katakan Bill Gates dan Steven Spielberg yang terkenal dan cemerlang dalam bidang mereka mahu menjadi profesor. Kita sudah tentu berasa gembira untuk mengupah mereka." Beliau seterusnya memberi contoh arkitek-arkitek yang diakui berbakat tidak memiliki ijazah sarjana.

Kebebasan akademik fakulti universiti umum telah diragui. Pengkritik seperti Bakri Musa menggunakan contoh seperti ahli sains ditegur oleh Timbalan Perdana Menteri, Najib Razak kerana menerbitkan "kajian mengenai pencemaran udara".
Para pelajar juga dapat membuat pilihan untuk pergi ke institusi swasta bagi pendidikan peringkat tinggi. Banyak institusi memberi kursus dengan bekerjasama dengan institut atau universiti di luar negeri. Sesetengah universiti di luar negeri pula membuka cawangan di Malaysia.

Aliran keluar mereka yang cemerlang dari Malaysia menyebabkan Perdana Menteri pada masa itu (1995), Tun Dr Mahathir Mohamed melancarkan program menarik mereka pulang ke kampung halaman. Matlamat rancangan ini adalah untuk menarik 5000 orang yang cemerlang setiap tahun. Pada tahun 2004, Menteri Sains, Teknologi dan Inovasi berkata dalam jawapan parlimen bahawa rancangan ini telah menarik 94 ahli sains (24 orang Malaysia) dalam bidang farmakologi, perubatan, teknologi semikonduktor dan kejuruteraan dari tahun 1995 hingga 2000. Semasa jawapan ini diberikan, hanya seorang masih berada di Malaysia. Selain itu, terdapat juga institut perguruan dan politeknik bagi yang berminat.